Контактный адрес: telmed@diamorph.ru

Контактный телефон:
+7(495)742-08-06

"ДиаМорф Объектив"

программное обеспечение для автоматической морфометрии и подсчета объектов на цифровых изображениях.

Краткое описание

Назначение программного обеспечения

Программное обеспечение "ДиаМорф Объектив" разработано в компании "ДиаМорф" и предназначено для подсчета и анализа морфоденситометрических параметров объектов на цифровых изображениях.
Модернизированное программное обеспечение комплекса «ДиаМорф» осуществляет ввод изображений препаратов в цифровом виде, интерактивное выделение объектов исследования, автоматическое вычисление их морфометрических и денситометрических параметров, статистическую обработку и создает архив. Организация базы данных позволяет осуществлять запросы и передавать данные по сети для использования комплекса «ДиаМорф» в телемедицине.
Основной областью применения программного обеспечения "ДиаМорф Объектив" является анализ изображений, полученных методами микроскопии и используемых в медико-биологических исследованиях, материаловедении, криминалистике.

Программное обеспечение входит в состав программно-аппаратного комплекса цифровой микроскопии "ДиаМорф", но может использоваться и как отдельное приложение.

Версия "ДиаМорф Объектив 1.6"

Перечень основных функций

Ввод изображений

·      Поддерживается широкий набор форматов входных файлов: .BMP,.JPEG,.TIFF,.GIF и др.

Методы выделения объектов на снимке

·      Интерактивная визуализация в тонах серого и в псевдоцвете.

·      Автоматизированная бинаризация.

·      Ручное редактирование выделенных объектов.

Анализ изображения (автоматический)

·      Автоматический подсчет объектов.

·      Преобразование всех результатов измерений к единой шкале (мкм).

·      Автоматическое вычисление морфологических параметров для каждого объекта:
площадь, периметр, максимальный и минимальный габариты, координаты центра масс. диаметр круга, эквивалентного по площади, фактор формы, проекции на границы изображения.

·      Автоматическое вычисление средней интенсивности (яркости) объекта и логарифмической оптической плотности.

·      Классификация объектов на основании геометрических признаков.

·      Статистическая обработка результатов измерений.

·      Создание архива. Организация базы данных позволяет осуществлять запросы и передавать данные по сети.

Анализ изображения (интерактивный)

·      Редактирование сводной таблицы (удаление, переименование объектов).

·      Измерение произвольных расстояний "цепной линией". 

Экспорт результатов

·      Вывод таблицы результатов в простом текстовом формате;

·      Передача в MS Excel;

·      Вывод в формате HTML;

·      Сохранение размеченных (контуры объектов) изображений во внешних файлах;

Системные требования

Для работы программного обеспечения "ДиаМорф Объектив" необходимо:

·      ОС Windows XP/2000;

·      Процессор с тактовой частотой 1.8 ГГц или выше;

·      ОЗУ 512Mb (для анализа снимков большой площади рекомендуется 1Gb ОЗУ);

·      100 Mb на жестком диске (для установки программы, для хранения снимков потребуется дополнительное свободное дисковое пространство, рекомендуется 20Gb и более);

·      Требуется пакет Microsoft Framework .NET 2.0 (дистрибутив входит в комплект поставки: папка NET2.0);

·      1 порт USB 1.1/2.0 для подключения ключа защиты;

·      1 порт USB 2.0 для подключения видеокамеры (только если будет использоваться для работы с цифровой видеокамерой, поставляемой ЗАО "ДиаМорф").

Отличия от предыдущей версии

Версия "ДиаМорф Объектив 1.6" отличается от предыдущей версии "ДиаМорф Объектив 1.5. 1.3." тем, что

·      появилась возможность включать в процесс визуализации дополнительные каналы, полученные с помощью применения к исходным каналам морфологических фильтров, либо из уже имеющихся на диске файлов изображений. Включение в процесс визуализации дополнительных каналов (признаков) позволяет повысить качество предварительной обработки изображений;

·      повышена точность работы модуля поиска и распознавания объектов;

·      программа "Визуализация-предобработка" больше не является самостоятельным приложением, а включена в программный пакет "ДиаМорф Объектив" в виде модуля;

·      реализована возможность просмотра статистики по измеренным морфометрическим параметрам распознанных объектов;

·      реализована возможность сохранения результатов измерений в базе данных (БД). Модуль работы с БД позволяет также: производить быстрый просмотр всего содержимого БД; осуществлять поиск информации по запросу; просматривать статистику по конкретному измерению; производить экспорт данных в Microsoft Excel; сохранять изображения на диск.

С нашего сайта Вы можете скачать презентацию (~37 Мб), которая ознакомит Вас с основными возможностями ПО "ДиаМорф Объектив-A 1.6". Для просмотра презентации достаточно запустить скачанный файл.

Обработка гиперспектральных изображений.

Задача извлечения из гиперспектральных изображений, содержательной информации в общем случае весьма сложна. Удовлетворительное дешифрирование во многих случаях не может быть осуществлено без участия человека. Визуальное представление данных облегчает специалисту-пользователю вынесение решений, позволяя использовать неформализованные признаки, накопленные опытом.

В программном обеспечении для предварительной обработки гиперспектральных изображений осуществляется «целенаправленная» визуализация. На итоговом изображении объекты, представляющие интерес, отображаются наилучшим образом, и, кроме того, сохраняются похожие на них объекты. В результате обработки этим методом вместо совокупности изображений получают одно изображение для выбранного эталона. Выбирая различные эталоны, получают различные варианты визуализации. Это дает возможность, автоматически рассчитывать морфометрические параметры различных объектов одного препарата. Следующие рисунки демонстрируют возможности такой обработки гиперспектральных снимков.

Гиперспектральные изображения микропрепарата:

Выборка четырех из пятидесяти исходных изображений микропрепарата демонстрирующая их различия :

Преобразованные изображения:

выделены различные объекты для их подсчета и измерений.

Представление в псевдоцвете нескольких объектов на одном изображении.

Версия "Диаморф Объектив 1.5.1.3"

Первым этапом обработки изображения является выделение значимых объектов, которые будут подвергнуты исследованию. Для этой цели следует использовать программу "Визуализация-предобработка", которая подготавливает изображение к анализу, осуществляемому программой "ДиаМорф Объектив".

Программа "Визуализация-предобработка" предназначена для проведения предварительной обработки изображения с использованием интерактивного управления. Целью предварительной обработки изображений является:

·      улучшение внешнего вида изображений для того, чтобы они лучше воспринимались человеческим глазом и облегчали "ручное" выделение объектов (рис.1).

·      изменение характеристик изображений таким образом, чтобы при количественном анализе изображений выделение интересующих объектов или фаз в дальнейшем могло бы быть произведено автоматически (рис.2).

Программа "Визуализация-предобработка" реализует новый метод преобразования изображений, визуализирующий меру сходства с эталоном. Выбор эталона производится пользователем либо заданием априорно известных значений признаков, либо с помощью указания мышкой на один из выделяемых объектов. Такой метод позволяет подготовить изображение к выделению объектов в сложных случаях при наличии на изображении нескольких групп различных объектов.

Методы выделения объектов на изображении

После предобработки легко произвести бинаризацию изображения, выделив объекты интереса с помощью порога по яркости. Выбор порога может быть произведен с визуальным контролем программой "Визуализация-предобработка", а также автоматически программой "ДиаМорф Объектив".

В интерактивном режиме выбор порога производится с визуальным контролем.

В полностью автоматическом режиме выделение значимых объектов производится программой на основе анализа характеристик изображения. Пользователь имеет развитый инструментарий по тонкой настройке автоматического режима (рис.3).

Алгоритм сегментации, использованный в программном обеспечении "ДиаМорф Объектив", автоматически обнаруживает внутренние области объектов, оказавшиеся в интервале "фона", и учитывает их без необходимости ручной заливки.

Результаты анализа изображения

Результаты автоматических измерений объектов сводятся в таблицу. Контуры обработанных объектов отображаются на исходном изображении. Между строками таблицы результатов и изображениями объектов устанавливается однозначное соответствие: кликнув на объекте, пользователь активирует соответствующую строку данных в таблице и наоборот.

Подробная информация, условия поставки

Контактный адрес: telmed@diamorph.ru

Контактный телефон: +7(495)742-08-06